НИР по теме: «Адаптация и совершенствование биоинформатических и программных алгоритмов отбора антигенов-мишеней для разработки мРНК-вакцин при терапии опухолей с низкой мутационной нагрузкой»

Объекты закупки

• 1-й этап Адаптация алгоритмов Системы для поиска неоантигенов в расширенных классах геномных и транскриптомных событий при пониженной мутационной нагрузке опухоли — 1 Условная единица
• 1.2 Адаптация Системы для возможности запуска в тестовом режиме на Kubernetes — 1 Условная единица
• 1-й этап Исследование существующих методов предсказания тройного взаимодействия «пептид – MHC – TCR» — 1 Условная единица
• 1-й этап Развертка и тестирование Систему на инфраструктуре Заказчика (по итогам 1 этапа) — 1 Условная единица
• 2-й этап Исследования подходов к анализу репертуаров TCR / BCR, включая сборку полных VDJ-последовательностей TCR (α- и β-цепей) и BCR (тяжёлых и лёгких цепей), идентификацию CDR3-регионов, определение V/(D)/J-сегментов, оценку клональности (распределение по размерам клонов, индексы Шеннона, Симпсона, Gini), идентификацию экспансивных клонов; поиск совпадений CDR3-последовательностей с базами VDJdb, IEDB, McPAS-TCR. — 1 Условная единица
• 2-й этап Разработка экспериментального образца Системы, включающий модуль предиктивной модели иммунного распознавания «пептид–MHC–TCR» на языке Nextflow — 1 Условная единица
• 2-й этап Расширение области поиска неоантигенов и углубленная оптимизация модулей аннотации — 1 Условная единица
• 2-й этап Проведение исследования подходов к анализу гетерогенности опухоли для нескольких регионов опухоли по данным секвенирования — 1 Условная единица
• 2-й этап Исследование предсказания связывания и презентации антигенов через неклассические молекулы MHC класса Ib — 1 Условная единица
• 2-й этап Исследование кросс-реактивности неоантигенов с референсным иммунопептидомом и нецелевого эффекта — 1 Условная единица
• 2-й этап Доработка модуля формирования регистра пациентов, получающих лечение мРНК-вакцинами — 1 Условная единица
• 2-й этап Доработка клинико-диагностического дашборда — 1 Условная единица
• 2-й этап Расширение поиска неоантигенов в дополнительных классах геномных и транскриптомных событий — 1 Условная единица
• 2-й этап Исследование подходов к формированию персонализированной ctDNA-панели для мониторинга минимальной остаточной болезни (MRD) — 1 Условная единица
• 2-й этап Доработка Системы по результатам тестирования программного конвейера на симулированных и открытых данных, в том числе методов предсказания тройного взаимодействия «пептид – MHC – TCR» — 1 Условная единица
• 2-й этап Разработка и адаптация программных и биоинформатических алгоритмов Системы для работы с данными секвенирования длинных прочтений РНК/кДНК для поиска неоантигенов. — 1 Условная единица
• 2-й этап Проведение углубленного исследования и разработка интегрированной мультимодальной модели взаимодействия «пептид – MHC – TCR» для высокоточной предсказательной оценки иммунного распознавания неоэпитопов Т-клеточными рецепторами. — 1 Условная единица
• 2-й этап Проведение исследования подходов к расширению репертуара кандидатных неоантигенов за счет событий аденозин-в-инозинового редактирования РНК (A-в-I редактирования РНК) — 1 Условная единица
• 2-й этап Проведение исследования подходов к учету метаболического состояния опухоли, ассоциированного с иммуносупрессией и нарушением презентации антигенов, при отборе и приоритизации неоантигенов — 1 Условная единица
• 2-й этап Подготовка списка ранжированных неоантигенов и конкатемеры на экспериментальных данных Заказчика — 1 Условная единица
• 2-й этап Развертка и тестирование Системы на инфраструктуре Заказчика (по итогам 2 этапа), включая доработку поддержки Kubernetes — 1 Условная единица
• 3-й этап Расширение функционала Системы для работы с данными секвенирования длинных прочтений РНК/кДНК для поиска неоантигенов — 1 Условная единица
• 3-й этап Разработка модуля идентификации третичных лимфоидных структур (TLS) — 1 Условная единица
• 3-й этап Исследование модуля деконволюции с использованием данных секвенирования единичных клеток — 1 Условная единица
• 3-й этап Проведение исследования подходов к мониторингу T-клеточного ответа — 1 Условная единица
• 3-й этап Расширение функциональности регистра по учёту результатов других типов анализа, реализуемых на различных этапах данного Контракта — 1 Условная единица
• 3-й этап Подготовка рекомендаций по дальнейшему развитию программного конвейера и финальная доработка ПО — 1 Условная единица
• 3-й этап Исследование и развитие методов предсказания тройного взаимодействия «пептид – MHC – TCR» — 1 Условная единица
• 3-й этап Исследование подходов к предикции тяжёлых нежелательных явлений — 1 Условная единица
• 3-й этап Исследование подходов к априорной оценке риска тяжёлых НЯ на уровне кандидатных эпитопов — 1 Условная единица

Участвовать или нет?

В «Абрисе» по этой закупке: анализ документации с ИИ — требования, сроки, деньги и риски с цитатами из документов; конкуренция и снижение цены на похожих торгах; кто выигрывает у заказчика; вопросы заказчику. Без регистрации — поиск и страница закупки; 7 анализов ИИ — бесплатно после ввода почты.

Открыть закупку в «Абрисе»

Другие закупки заказчика на подаче заявок

• Поставка реагентов и расходных материалов — 3 793 550,66 ₽
• Поставка реагентов и расходных материалов — 2 597 016,52 ₽
• Поставка реагентов — 471 666,65 ₽
• НИР по теме: «Разработка и валидация биоаналитической методики количественного определения полипренилфосфата натрия в плазме крови человека методом ВЭЖХ-МС/МС и анализ биологических образцов фармакокинетического этапа клинического исследования лекарственного препарата Пренофитол, таблетки (протокол № 02-ПРЕН-2025)» — 13 097 495,84 ₽